La UNSAAC tiene el objetivo de contribuir al desarrollo científico, social y económico de la Región Cusco fortaleciendo la investigación, desarrollo, innovación y emprendimiento (I+D+i+e) en la UNSAAC. Para el periodo 2021-2025, se plantea fortalecer el proceso integral de investigación desarrollo, innovación y emprendimiento. Con mayores perspectivas de integrar las acciones de investigación a las necesidades de desarrollo a nivel regional y nacional, a través del desarrollo de investigación que tengan un impacto positivo y que aporte en el desarrollo de la sociedad. Esto supone fortalecer la vinculación universidad, empresa y estado, así como la dinamización de ecosistemas de innovación y emprendimiento regional.