El INS es un Organismo Público Técnico Especializado, con personería jurídica de derecho público interno y con autonomía funcional, administrativa, económica y financiera en el ejercicio de sus atribuciones. Se encuentra adscrito al Ministerio de Salud. El INS en materia de salud, es competente a nivel nacional en investigación en salud, innovación en salud, tecnologías en salud, epidemias, vigilancia epidemiológica e inteligencia sanitaria.