Es la unidad orgánica responsable de asesorar, gestionar y supervisar los procesos y actividades inherentes al sistema nacional para la calidad y la implementación, mantenimiento y actualización del sistema integrado de gestión de calidad en la entidad. El Instituto Nacional de Salud cuenta con acreditaciones y certificaciones, bajo normativas nacionales e internacionales, por las cuales se rigen los centros nacionales y oficinas generales.