En este trabajo de investigación se realizó la caracterización fisicoquímica y funcional del sachatomate (Cyphomandra betacea) para el desarrollo de productos en el mercado de alimentos funcionales a partir de las partes del fruto como la cáscara, semillas y pulpa procedentes de los departamentos de Huánuco y Cajamarca. Se evaluó para cada parte del fruto: el contenido de carotenoides totales, compuestos fenólicos extractables y total (QUENCHER), flavonoides totales, capacidad antioxidante extractable y total (QUENCHER), la actividad antimicrobiana frente a E. coli ATCC® 25922TM y S. aureus ATCC® 25923TM, y la actividad prebiótica usando Lactobacillus plantarum 299v y Lactobacillus rhamnosus GG. Los resultados revelaron que la cáscara poseía un mayor contenido de carotenoides que las semillas y pulpa, un mayor contenido de compuestos fenólicos extractables, capacidad antioxidante extractable y total (QUENCHER) que las semillas seguido que la pulpa, y un mayor contenido de compuestos fenólicos total (QUENCHER), flavonoides que las semillas y pulpa. Además, la cáscara demostró una mayor actividad antimicrobiana frente E. coli y S. aureus, seguido por las semillas y luego la pulpa procedente de Cajamarca. Todos los extractos mostraron actividad prebiótica frente a L. rhamnosus y L. plantarum. A partir de los resultados del estudio actual, se puede concluir que, entre las diversas partes de la fruta del sachatomate, la cáscara tiene la actividad antioxidante y antimicrobiana más alta, mientras que la pulpa tiene la menor. Las cáscaras y las semillas no sólo son potentes en sus efectos antioxidantes y antimicrobianos con niveles apreciables de compuestos fenólicos en relación con las otras partes, sino que también poseen actividad prebiótica sobre el crecimiento de dos bacterias probióticas acidolácticas. En general, las muestras estudiadas resultan ser una buena fuente de antioxidantes sobre todo de compuestos fenólicos, cuyo uso podría ser adecuado en la formulación de alimentos funcionales.