El lago Titicaca tiene una gran importancia socioeconómica para la población, este ecosistema está siendo deteriorado debido a las diversas actividades antrópicas de la zona. En las últimas dos décadas han surgido técnicas de evaluación rápida para el monitoreo de la calidad del agua, una de ellas es el uso de indicadores biológicos. El objetivo de la investigación es evaluar la calidad del agua del Lago Titicaca, Perú, empleando microalgas y cianobacterias como indicadores biológicos, para ello se establecerán 12 estaciones de muestreo a lo largo de tres líneas limnológicas y se avaluarán de manera estacional (época seca y época lluviosa) los parámetros fisicoquímicos del agua, la composición y abundancia de las comunidades fitoplanctónicas. Se realizará la caracterización morfológica y molecular de las comunidades de cianobacterias y microalgas. La caracterización morfológica de fitoplancton se realizará aplicando técnicas particulares de observación microscópica de la estructuras. La caracterización molecular se llevará a cabo con el método de metabarcoding de ADN, la cual ayudará a identificar las especies presentes en las muestras ambientales seleccionadas del Lago Titicaca. Se determinarán los índices bióticos como Diversidad de Shannon- Wiener (H´), Índice de Margalef, Índice Diatómico General (IDG), Índice Biológico de Diatomeas y los Índices de Nygaard para el fitoplancton. Los esfuerzos para conservar y comprender el efecto de los impactos antropogénicos sobre la biodiversidad siguen siendo escasos considerando las múltiples amenazas antropogénicas a la biodiversidad, en tales escenarios, las prácticas de conservación y biomonitoreo son muy recomendables.