El presente trabajo se centró en determinar las diferencias entre los métodos de secado aplicado al aceite esencial de naranja encapsulado en beta-ciclodextrina (β-CD) mediante la técnica de inclusion molecular. En primer lugar, se caracterizó el aceite esencial de naranja adquirido mediante densidad e índice de refracción y posteriormente, se procedió a microencapsularlo. Para la formación de los microencapsulados, inicialmente se disolvió βCD en agua destilada en 6.9 por ciento (m/v) a 50°C, luego se enfrió hasta 35°C y se añadió aceite esencial gota a gota en relación peso/peso de 1:8.33 (ambos en g) de aceite/βciclodextrina con agitación constante a 900 rpm por 3 h y 30 min. Posterior a ello, se refrigeró por 16 h a 4°C, luego de dicho tiempo, la solución obtenida se centrifugó a 3500 rpm por 10 min y se decantó. Finalmente, se secó mediante estufa a 50°C por 24 h, liofilizado a -40°C a presión absoluta de 13.33 Pa por 17 h y atomizado a 160, 180 y 200°C con una boquilla de 1 mm a un flujo de 3.35 ml/min, obteniéndose 5 tratamientos con 3 repeticiones cada uno. Todas las muestras fueron caracterizadas respecto a su humedad, higroscopicidad, actividad de agua, eficiencia y rendimiento, microestructura y espectros FT-IR, además, se realizó una evaluación de su estabilidad almacenándolas a 20°C con 82 por ciento de humedad relativa por 36 días. Los resultados mostraron diferencias significativas (p<0.05) entre los tratamientos para la eficiencia, humedad, higroscopicidad y actividad de agua; asimismo, las microestructuras mostraron diferencias en su morfología entre muestras las atomizadas y las liofilizadas. Los resultados del FT-IR de los encapsulados mostraron formación de nuevos enlaces entre el aceite esencial de naranja y la beta-ciclodextrina y, en algunos casos una pérdida de estas uniones, lo cual sería causado por efecto de la temperatura. Finalmente, a través del tiempo de almacenamiento, todos los tratamientos mostraron tendencia a perder su eficiencia y aumentar su humedad y actividad de agua. Se determinó que la mayor eficiencia la presentó el método de secado por liofilización con un promedio de 97 por ciento, además de presentar las mejores propiedades al inicio y término de la evaluación de estabilidad.