El protozoario intestinal Blastocystis sp. es un parásito que posee una amplia variablidad genética (hasta 17 subtipos) y tiene una distribución mundial. La blastocystosis en la actualidad se encuentra asociada a problemas de salud a nivel mundial, especialmente en países en vías de desarrollo con escasas condiciones sanitarias.Existen reportes que indican que determinados subtipos genéticos de Blastocystis sp. se encuentran asociados con determinada sintomatología. A nivel nacional, los reportes del hallazgo de Blastocystis sp. indica una elevada prevalencia en diferentes regiones de nuestro país. En Arequipa, la prevalencia reportada varía entre 45,13 a 71,91%, exisitiendo escasos estudios a nivel molecular que hayan realizado la identificación de Blastocystis sp. Aunque la técnica de PCR convencional ha sido utilizada ampliamente en la determinación de los subtipos genéticos, actualmente se está realizando la identificación mediante técnicas de última generación como es el secuenciamiento de última generación (NGS) con la posibilidad de identificar con mayor precisión todos los subtipos presentes. Este diagnóstico es importante principalmente por superar la barrera establecida por la PCR convencional cuya limitante es identificar individualmente cada subtipo por falta de los primers (cebadores) adecuados.