La tuberculosis (TB) es la enfermedad infecciosa que más muertes causa a nivel mundial, tomando la vida de más de 1.7 millones de personas anualmente. El aumento de cepas clínicas resistentes a antibióticos (TB-MDR y TB-XDR) amenazan el control de TB a nivel nacional y global, disminuyendo la probabilidad de éxito del tratamiento y aumentando la mortalidad en pacientes diagnosticados. Las técnicas de secuenciamiento de ADN de siguiente generación (NGS por sus siglas en inglés) permiten el análisis de genomas bacterianos completos, estableciéndose como una herramienta vital en estudios de transmisión de cepas clínicas y la evolución de resistencia a antibióticos. Proponemos un estudio retrospectivo de secuenciamiento de genomas bacterianos para estimar la diversidad genética de las cepas circulantes de M. tuberculosis en el distrito de San Juan de Lurigancho (SJL, distrito que presenta una de las mayores tasas de incidencia de TB en el Perú), así como entender la diseminación transmisión de cepas sensibles y resistentes a antibióticos en el distrito en un período de ocho años. También se estudiará la evolución de cepas a través del tiempo en pacientes tratados. Se utilizará el sistema Illumina MiSeq para caracterizar aislados de Mycobacterium tuberculosis originales de pacientes enrolados durante el periodo 2015-2017 en distintos Centros de Salud en SJL. Los resultados de este proyecto contribuirán al conocimiento de la distribución y evolución de genes de resistencia a antibióticos, permitirán un mejor tratamiento de pacientes infectados e informarán el diseño de mejores estrategias para el control de la TB a nivel local. La propuesta también busca promover la colaboración e intercambio de investigadores con instituciones del extranjero para aplicar métodos de genómica y bioinformática al estudio de la TB en el Perú.