La trasmisión materno infantil del virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) constituye un serio problema de morbimortalidad infantil, alcanzando un índice de hasta 2% de los casos nuevos de infección por VIH a nivel mundial (ONUSIDA, 2017). Sin embargo, se han estudiado múltiples estrategias que permiten reducir hasta valores indetectables, los casos de infección vertical. No obstante, el índice de casos acumulados de transmisión vertical en el Perú hasta el año 2018, todavía se mantiene en el 2%, lo que genera la necesidad de conocer cuáles son las posibles causas que siguen provocando la transmisión madre-hijo. En tal sentido, el objetivo de este estudio es determinar la farmacoresistencia y factores de riesgo asociados a la transmisión vertical del virus de inmunodeficiencia humana (VIH) en niños expuestos y sus madres así mismo identificar los factores de riesgo relacionados con la transmisión vertical durante los años 2017 y 2018, todo ello en el marco del programa Materno Infantil que se está desarrollando en este período denominado “Plan Nacional para la eliminación de la Transmisión Materno Infantil del VIH, SIFILIS y HEPATITIS B en el Perú 2017-2021”. Para lograr el objetivo, se plantea un estudio retrospectivo, transversal y analítico de vinculación de variables, respecto a los casos de transmisión vertical ocurridos durante los años 2017-2018 a nivel nacional, con el fin de determinar la farmacoresistencia y recabar información socio-epidemiológica, clínica y virológica que permitan identificar los factores de riesgo asociados a estos casos de transmisión vertical. Asimismo, se incluirá una población de gestantes, donde se haya evitado la infección madre-hijo como grupo control. Este estudio es importante porque permitirá identificar los puntos críticos que favorecen la transmisión vertical para potenciar las estrategias de prevención materno infantil del VIH en el país, y plantear nuevas medidas que permitan reducir la transmisión vertical.