Introducción: La anemia por deficiencia de hierro (AdH) es un problema de salud global apremiante y sus factores de riesgo más importantes son la pobreza, la malnutrición y la inseguridad alimentaria. Esta última es la situación de las personas que no pueden acceder de manera segura a una cantidad suficiente de alimentos. Nuestro objetivo es comprender la complejidad de los factores ecológicos, biológicos, sociales y políticos que afectan la inseguridad alimentaria de las madres que amamantan y sus recién nacidos en distintas regiones del Perú, y que alteran los mecanismos de la homeostasis adaptativa del hierro en lactantes durante el Antropoceno. Metodología: Se trata de un estudio de cohorte que integra métodos cuantitativos y cualitativos. El estudio de cohorte multicéntrico se realizará en tres regiones diferentes del Perú donde se estudiarán 300 parejas de madres/niños. Se evaluarán recién nacidos con peso mayor a 2,500 gramos, nacidos entre el 1o enero 2020 y el 31 de diciembre de 2020 en las ciudades de Lima, Ayacucho y Pucallpa. La madre será evaluada de preferencia durante el mes anterior al nacimiento del niño. El binomio madre/niño será seguido prospectivamente durante el primer año de vida de los niños. Los participantes serán evaluados 4 veces y se tomarán muestras en 3 de las evaluaciones. Se evaluará la presencia de anemia con un método no invasivo y con muestras de sangre. También se realizarán mediciones antropométricas básicas. La microbiota intestinal se analizará mediante técnicas de secuenciación del genoma. El análisis de la calidad del agua se llevará a cabo en dos estaciones (seca y humeda). La relación entre el entorno y el microbioma se investigará utilizando un sistema de georreferenciación. Se elaborará un cuestionario nutricional y de hogares para aplicar en los participantes desde Enero 2020. También se elaborará un recordatorio dietético de 24 horas. La parte cualitativa de la investigación abarcará entrevistas en profundidad y discusiones de grupos focales, que serán complementarias a las encuestas nutricionales y los recordatorios de 24 horas de observaciones nutricionales.