Con los actuales avances en la química, física y biología computacional se ha podido lograr comprender diversos fenómenos a nanoescala, como el comportamiento de proteínas y moléculas de interés, para ello se han descrito a nivel atómico los sistemas moleculares. En el Centro de Investigación en Ingeniería Molecular del Vicerrectorado de Investigación de la UCSM, se vienen desarrollando lineas de investigación haciendo uso de herramientas computacionales, sin embargo hasta el momento una de nuestras limitantes es considerar el efecto pH en algunas proteínas, debido a que este es vital cuando deseamos estudiar una proteína a condiciones de pHs bajos y al hacer los cálculos de dinámica molecular se nos es imposible dar las condiciones necesarias, pudiendo solo lograr estudiar a un pH neutro (pH=7). Es por ello que con las conocimientos del grupo de Investigación del Dr. Francesc Mas es posible estandarizar una metodología que pueda ser válida a nivel teórico considerando el pH. Finalmente el objetivo es difundir los conocimientos a estudiantes de pre y posgrado, así como a la comunidad científica interesada en ello.