En el Perú, el cultivo de cebolla (Allium cepa L.) tiene gran importancia debido a su amplia distribución geográfica, superficie y consumo per cápita. Sin embargo, se ve afectada por el tizón de la hoja, una de las enfermedades más perjudiciales en este cultivo. Esta enfermedad ocasiona daños que inicialmente van desde manchas cloróticas con centro pajizo ubicadas en la parte media y extendiéndose hasta el ápice en estadios avanzados. La senescencia de las hojas impacta negativamente en el rendimiento afectando la calidad del bulbo. Por lo expuesto, el objetivo de esta investigación fue realizar la caracterización morfológica y molecular del agente causal del tizón de la hoja en Perú. Para esto, seis aislamientos fueron colectados de hojas de cebolla de las principales zonas productoras del país: Arequipa, Ica y Lima; y se realizó cultivo monospórico de cada uno de ellos. Para la identificación morfológica se utilizaron claves morfológicas analizando las estructuras desarrolladas por el patógeno sembrado en medio de cultivo PDA (Papa Dextrosa Agar) y SNA (Synthetic Nutrient Agar). Para la caracterización molecular se amplificó la región del espacio transcrito interno (ITS) y el gen gliceraldehido-3-fosfato deshidrogenasa (GPD) para su posterior secuenciamiento. En base a los análisis realizados, todos los aislamientos obtenidos corresponden al género Stemphylium. Además, se consiguió caracterizar morfológicamente los aislamiento del tizon de la hoja de la zona de Arequipa, La Molina e Ica. De los cuales, el aislamiento de Arequipa se aproxima a S. vesicarium; el aislamiento de La Molina-Lima se aproxima a S. majusculum; y el aislamiento de Ica se aproxima a S. vesicarium. Los resultados del estudio permiten obtener un reporte oficial de la presencia del agente causal de esta enfermedad en las principales regiones productoras de cebolla en Perú.