En el Perú se viene ejecutando programas de vigilancia para el control y prevención de rabia doméstica y silvestre; sin embargo, en estos últimos tres años se ha reportado un aumento de casos positivos en canes (60 promedio/anual) y la circulación del virus de la rabia (RABV) en poblaciones de murciélagos hematófagos, representando un riesgo de exposición en comunidades humanas. Aunque los reservorios del RABV en Perú son los canes y murciélagos hematófagos; eventos de cambio de hospedero representan un problema de salud pública debido a la exposición humana en hábitats silvestres. Como ejemplo, el RABV fue aislado en la especie de vida silvestre pottus flavus, en el departamento de Madre de Dios el año 2007, con nuevos casos reportados en los años 2012, 2013 y 2015. Si bien la mayoría de estudios moleculares están basados en el análisis de la nucleoproteína y la glicoproteína, el estudio genómico del RABV en reservorios silvestres y domésticos, permitirá el análisis a mayor escala en la identificación de regiones del genoma involucradas en la adaptación del virus a nuevos hospederos en el Perú, generación de información necesaria para estudios comparativos, de dinámica de distribución del RABV, así como la identificación de regiones que posibiliten el diseño de oligonucleotidos y sondas para la implementación de la técnica de PCR en tiempo real, ventajas que representan mejoras en las estrategias para el control y prevención de esta zoonosis. Debido a la experiencia del personal profesional del Instituto Politécnico Nacional en el desarrollo de esta tecnología de investigación y su aplicación en la detección de variantes del virus rabia en México, así como a la formación de recursos humanos altamente calificados en el área de investigación, fue propuesta como Institución de referencia para el estudio genómico del RABV en Perú, que permitirán fortalecer las actividades mediante innovación tecnológica en el diagnóstico de enfermedades desatendidas en el Perú.