El cuy es un recurso zoogenético de gran importancia para el poblador andino del Perú, debido a que es considerado un alimento de subsistencia, dado a que su crianza es de fácil adaptabilidad a condiciones climáticas adversas. El Perú cuenta con cuyes nativos, ubicados a lo largo de las zonas alto andinas, sin embargo, se desconoce actualmente su diversidad y distribución. Las tecnologías de secuenciamiento de la próxima generación(NGS) el caso del GBS (Genotyping by Sequencing), están siendo utilizadas para estudios de diversidad, dado a que son de bajo costo y a que proporcionar un gran número de información, a través de marcadores de tipo SNPs. El presente estudio de investigación plantea, realizar el estudio genómico del ADN proveniente de cuyes nativos colectados en una investigación anterior, con la finalidad de realizar la genotipificación de cuyes nativos peruanos por secuenciamiento (GBS) e Identificar los genes relacionados a su adaptación. La información generada permitirá conocer en mayor detalle las poblaciones de cuyes a nivel genómico de este modo fomentar la revalorización de la crianza ancestral de esta especie e impulsar programas de Conservación de la Biodiversidad de cuyes nativos en las comunidades altoandinas.