La roya amarilla del café es una enfermedad causada por el hongo Hemileia vastatrix Berk. et Br. que el último año ha provocado una disminución significativa en la productividad del cultivo en el Perú. Pese a ser el principal producto agrícola de exportación, aun no se ha desarrollado ninguna variedad mejorada de café en nuestro país. Por otro lado, se han identificado numerosas fuentes de resistencia en el café, pero muy poco se conoce el nivel molecular de aquellas (Diola, 2011) (Alvarenga, 2011), a pesar de que se reporta elevada homología posicional de los cromosomas del café con los de tomate y se cuenta con la información del proyecto de secuenciamiento de su genoma. En tal sentido planteamos buscar en genotipos peruanos de cafetos, secuencias de ADN, que estén relacionadas a la resistencia a la roya amarilla, y que permita disminuir el tiempo de selección en los programas de mejoramiento genético, para lo cual se utilizará análisis masivo de la expresión génica durante la infección. Para llevar a cabo el proyecto se seguirá la siguiente metodología - Recolección y Caracterización del material vegetal y del patógeno en las zonas de Villa Rica (Pasco) y Quillabamba (Cusco). Además se realizará la caracterización morfológica varietal in situ utilizando la lista de descriptores para café del IPGRI. - Evaluación de Susceptibilidad, se realizará en invernaderos, donde la siembra e identificación de los genotipos resistentes se evalúen siguiendo la metodología de Reuben & Mtenga (2012). - Caracterización de Cepas de H. vastatrix, el aislamiento de las colonias y la extracción de ADN se realizará mediante el protocolo de Goodwin & Lee (1993). La caracterización molecular del hongo se realizará mediante amplificación por PCR de las regiones ribosomales 5.8S y 28S (Cristancho et al. 2007), seguida de clonamiento en un vector p-GEM-T (Promega) y sequenciamiento en Macrogen (Woore Building, Seoul, Korea). - Marcadores moleculares, para una identificación y caracterización inicial de los individuos resistentes y susceptibles se amplificará marcadores moleculares ligados a la resistencia a H. vastatrix: SCAR (Diola et al. 2011), CARF005, que fue obtenido por EST-PCR (Avarenga 2011) y del gen completo SH3 (Ribas et al., 2011), el cual provee resistencia contra H. vastatrix al café. - Análisis Transcripcional, se realizará mediante “masive analysis cDNA ends” (MACE) (www.genxpro.de), que permitirá obtener información en alta resolución de la expresión génica de genotipos susceptibles y resistentes sometidos a la infección del hongo. El presente estudio también permitirá conocer la estructura poblacional de la roya amarilla en los dos centros importantes de producción de Villa Rica (Pasco) y Quillabamba (Cusco).