Project name
Capacitación en herramientas bioinformáticas de alto rendimiento: DNA Methylation y RNA Sequencing (next generation sequencing), aplicadas al estudio del epigenoma y transcriptoma y su relacion con la expresion génica en especies animales de interés para la producción
Acronym
032-2017
Project code
032-2017
Status
Finished
Start Date
01 June 2017
End Date
01 November 2017
OCDE knowledge area(s)
Ciencias de la información
Keyword(s)
Movilizaciones Bioinformática Linux DNA Methylation RNA Seq Animales De Interés Productivo.
Resume
El proyecto se basa fundamentalmente en el desarrollo y aplicación de métodos computacionales para el análisis de datos de las multi-ómicas (metiloma, transcriptoma y genoma), relacionados con la genómica nutricional en animales. La epigenética, dentro de los 3 episodios que estudia, se encuentran los niveles de metilación de los genes (hipometilación, normometilación e hipermetilación), inducidos por factores externos como: los nutrientes consumidos mediante la dieta cotidiana, exposición a diferentes temperaturas o simplemente los componentes (contaminantes) propios de la atmósfera. Mediante estudios como estos podemos ir más a fondo y no ceñirnos solamente a un trabajo de expresión génica, sino también encontrar una relación con la estructura del gen; de la alteración de la forma, mas no de la secuencia. El estudio de las ómicas, posteriormente nos permitirá establecer una relación con la expresión génica, y así poder inferir sobre qué genes de interés tienen efectos en la expresión estas diferencias conformacionales. Estos datos futuramente podrán ser usados como modelos para poder trabajar con seres humanos y tener mayor certeza de los nutrientes de suma importancia en etapa pre-natal y de los primeros años. Estos estudios, mediante la bioinformática no tienen límites, no se limita solamente a una especie, sino a todos los seres vivos, según la importancia y utilidad que pudieran tener. En el caso de los animales, la importancia que tienen como fuente de alimento o de lana, como en nuestro país, donde se busca optimizar la producción y calidad de la lana de vicuña y fibra de alpaca. Para el la obtención de estos datos se necesita de equipos de alta gama y tecnología de avanzada. La Universidad de Florida cuenta con dicha tecnología: NGS (next generation sequencing), para el estudio de metiloma y transcriptoma (DNA methylation y RNA sequencing). Pero para poder realizar estos análisis, primero, se debe conocer y familizar con el software exclusivo (linux) para los programas especializados en procesar con la especificidad y calidad necesaria dichos datos en masa.
Institutional research line
Niveles de contaminación ambiental
Geographical scope of study or application of the project
ESTADOS UNIDOS
Sources of information: Directorio de Proyectos Fondo Nacional de Desarrollo Científico, Tecnológico y de Innovación Tecnológica