El Real Jardín Botánico (RJB) tiene como misión científica descubrir la diversidad actual de las plantas y hongos, comprender cómo dicha diversidad se ha generado y promover su conservación, con el propósito de (1) proponer una clasificación más natural basada en esa historia; (2) contribuir a la reconstrucción del árbol de la vida (3) conocer su distribución en el tiempo y en el espacio desde su formación (4) disponer de un marco en el que inferir los cambios evolutivos que han tenido lugar en los linajes, los mecanismos que han generado o modulado esos cambios y la base genética de los mismos. El RJB utiliza una amplia gama de herramientas, métodos y fuentes de información, basadas en el estudio comparativo de caracteres observables en especímenes de herbario, hasta las menos accesibles y que están más próximas al genotipo, como los marcadores moleculares. El RJB cuenta con el herbario del Real Jardín Botánico (MA) el cual es una de las piezas centrales en la tarea científica y de investigación. El MA es el más grande de España y uno de los más representativos de Europa. Alberga más un millón de ejemplares organizados de acuerdo a sistemas estandarizados de clasificación. En él se encuentran representadas también las colecciones históricas procedentes de las expediciones del siglo XVIII. El RJB cuenta además con el Archivo Histórico el cual contiene la documentación textual y gráfica generada por la institución desde el siglo XVIII.