La hidatidosis, también conocida como equinococosis quística (EQ), es una enfermedad parasitaria zoonótica causada por el cestodo Echinococcus granulosus s. l. y se considera uno de los problemas de salud pública más significativos a nivel mundial. La prevalencia de esta enfermedad está estrechamente relacionada con factores socioeconómicos asociados a prácticas agrícolas y ganaderas en regiones específicas. En humanos, el desarrollo de la enfermedad podría estar vinculado a la presencia de antígenos leucocitarios (HLA). En el Perú, las zonas de la sierra central y sur presentan los factores socioeconómicos que favorecen la continuidad del ciclo de vida de este parásito, siendo reportadas como endémicas tanto para la hidatidosis en el ganado como en humanos. A pesar de la alta prevalencia, existen pocos estudios en el país que hayan analizado la prevalencia de los diferentes genotipos en poblaciones humanas, especialmente en poblaciones pediátricas. Los Institutos Nacionales de Salud del Niño San Borja y Breña, son reconocido como centros de referencia para el tratamiento quirúrgico de niños con hidatidosis complicada, provenientes de diversas regiones del Perú. Estos niños representan una población ideal para determinar los genotipos circulantes a nivel nacional asociados a casos graves de hidatidosis en niños, así como para investigar la asociación de esta infección con marcadores inmunológicos de la familia de antígenos leucocitarios humanos. Con el objetivo de alcanzar estos fines, se amplificarán y secuenciarán los genes mitocondriales nad1 y cox1 de E. granulosus, mientras que los genes HLA humanos se tipificarán mediante técnicas estándares. Se espera que los resultados obtenidos permitan comprender la variación genética de E. granulosus y establecer programas de control y prevención de esta enfermedad, especialmente en la población pediátrica del Perú.