El consumo de carne de cuy es una opción por su alto valor biológico pero tiene un consumo per Capita de 0.94 kg, y presenta rendimientos que varían de 594.8 a 1123.8 gr de carcasa, que obedece al sistema de selección tradicional de reproductores de baja precisión (0.45), frente a sistemas de selección BLUP (0.623) y que incorporan marcadores moleculares BLUP/GA (0.751 ± .001), que potencializa la precisión en la predicción del mérito genético. En este contexto de seguridad alimentaria, definimos que el problema central es la “Baja precisión en la selección de cuyes reproductores para carne”, por lo cual, la UCSUR, INTAP y la empresa ALLIN forman una alianza, cuyo objetivo es “Mejorar la eficiencia en la precisión de la selección de cuyes genéticamente superiores para carne de calidad en Allin Perú SAC de Manchay Bajo en Pachacamac en Lima; para lo cual, se platea desarrollar tratamientos que combinen evaluaciones genéticas para identificar individuos de alto mérito genético predicho, a los cuales se genotipan con marcadores moleculares para evaluar la asociación genética sobre el rendimiento de carne, bajo un control de bioseguridad; cuyo resultado esperado es verificar el tratamiento con mayor coeficiente de correlación del mérito genético estimado, para el rendimiento al beneficio (gramos de carcasa/animal) y análisis proximal (análisis de los ácidos grasos) de carne de cuyes reproductores de la empresa Allin SAC. Los rendimientos de carcasa de cuy varían de 1123.8 a 594.8 gr, con un contenido de proteínas de 19.63% y 4.19% de extracto etéreo, y de ácido palmítico de 19.4 a 29.15; oleico con 19.3 a 28.93; linolénico con 3.77 a 21.5 y linoleico con 15.03 a 33.75 gr/100 gr de grasa, y el índice productivo en ALLIN PERU SAC varia de .47 a .91. La variabilidad descrita está relacionada con la selección masal de reproductores y con la aplicación de mínimos cuadrados medios, en donde la precisión de la estima de los parámetros genéticos es variable. El modelo animal BLUP ha sido utilizado para la selección genética en cuyes y los modelos mixtos con MIXED y REML han determinado efectos significantes. Por lo tanto en ese contexto definimos que el problema central es la “Baja precisión en la selección de cuyes reproductores para carne en Allin Perú SAC en Maychay Bajo Pachacamac Lima”. Hipótesis: La precisión en la selección genética está influenciada por el método de predecir los méritos genéticos, y por el efecto de marcadores de Nucleótidos Polimórficos Únicos-SNPs. Si se aplica para la selección el modelo animal con el Mejor Predictor Lineal Insesgado-BLUP para la estima de la diferencia predicha, y se genotipa con marcadores SNPs para evaluar el efecto de asociarlos al rendimiento de carne, entonces, se identificarán con mayor precisión a los cuyes genéticamente superiores para la calidad de carne. Objetivo General: Mejorar la eficiencia en la precisión de la selección de cuyes genéticamente superiores para carne de calidad en Allin Perú SAC de Manchay Bajo en Pachacamac Lima. Objetivos Específicos: (1) Desarrollar evaluaciones genéticas para mayor rendimiento de carne de calidad de cuy; (2) Evaluar la asociación genética de los microsatélites y SNPs para ácidos grasos sobre el rendimiento de carne de cuy; (3) Mejorar los índices zootécnicos y sanitarios.