Los coronavirus (CoV) causan infecciones respiratorias y entéricas en diversas especies de aves y mamíferos, incluyendo a los seres humanos. Las alpacas y llamas en su etapa neonatal (de 1 a 5 semanas de edad) son muy susceptibles a infecciones causadas por virus, bacterias y parásitos provocando altas tasas de morbilidad y mortalidad. En un estudio inicial, realizado por nuestro grupo de investigación en la comunidad campesina de Silli en el departamento del Cusco, revelo que el 40% de las alpacas que padecían de cuadros diarreicos diseminaban coronavirus en las heces. Debido a esta frecuencia elevada y aun manejo sanitario inadecuado de este ganado producto de la pobreza extrema que sufren estas comunidades campesinas, se le da una chance enorme a este virus de producir cuadros clínicos con altos índices de morbilidad y mortalidad en estos animales, pero lo más preocupante es el potencial zoonótico o antropozoonótico de este virus, que al estar en contacto frecuente con una especie que no es su hospedero natural logra adaptarse y rompe la barrera interespecies infectando a nuevas especies hospederas. El objetivo principal del proyecto es la caracterización molecular y análisis filogenético del gen L y S de las estirpes de CoV detectados en alpacas y llamas neonatas, con y sin signos clínicos de diarrea, que están localizadas en 4 comunidades de campesinas de la provincia de Canchis en el departamento del Cusco, para determinar el potencial zoonótico de estos virus. Un total de 150 muestras de heces de alpacas y llamas neonatas pertenecientes a estas comunidades, serán sometidas a la detección de CoV utilizando la RT-PCR para amplificación del gen L que codifica la polimerasa viral. Las muestras positivas serán sometidas al aislamiento viral utilizando las células MC-LLK2, para después realizar una RT-PCR para amplificar el gen S que codifica la proteína de la espícula viral. los productos amplificados del gen L y S serán secuenciados por el método de Sanger. Esperamos obtener las secuencias de nucleótidos de los genes L y S de los CoVs detectados para poder identificar su género y especie, así como la especie-especificidad de estos virus en alpacas y llamas. El análisis filogenético de las secuencias del gen S, nos permitirán calcular la tasa de mutación de dicho gen y determinar su potencial zoonótico.