La variabilidad genética y ambiental en la producción de maíz morado popcorn puede ser un desafío; ya que las diferencias ambientales son las que contribuyen en mayor medida a esta variabilidad, seguido de las diferencias genotípicas (cita) (Huanuqueño, 2022). La influencia de factores como el clima, la fertilidad del suelo y las prácticas de cultivo puede dificultar la obtención de un conjunto homogéneo de líneas que cumplan con los criterios de calidad establecidos con buenas características agronómicas (cita). Otra problemática radica en la necesidad de establecer protocolos de selección robustos y reproducibles para identificar las líneas de maíz morado 'popcorn' que posean el potencial deseado en términos de volumen de expansión y pigmentación de grano morado. Esto implica definir criterios precisos y objetivos de evaluación, lo que puede requerir una inversión significativa en investigación y desarrollo. Además, la disponibilidad de recursos y el tiempo necesario para llevar a cabo la caracterización y selección de las 100 líneas también representan un desafío logístico y financiero. Finalmente, la industria de las palomitas de maíz es altamente competitiva, por lo que la comercialización exitosa de las líneas seleccionadas plantea su propia problemática. La aceptación del mercado y la capacidad de satisfacer la demanda de manera consistente son factores cruciales para el éxito de este proyecto. Esto implica la necesidad de establecer estrategias de comercialización efectivas y garantizar una producción constante y confiable de las líneas de maíz morado 'popcorn' seleccionadas, lo que puede requerir una planificación cuidadosa y una inversión continua.