La tuberculosis (TB) es en la actualidad la enfermedad infectocontagiosa que más muertes causa al año a nivel global, por encima del VIH/SIDA. Se estima que en el 2017, se diagnosticaron 10,0 millones de personas y 136 millones de personas murieron en todo el mundo. A pesar del desarrollo económico que ha presentado el Perú en los últimos años, nuestro país sigue teniendo serios desafíos a la salud pública. En el ámbito de las enfermedades infecto-contagiosas, la TB es uno de los problemas más importantes, puesto que en los últimos años su epidemiología no ha presentado variaciones significativas en términos de incidencia o prevención de la enfermedad, y sigue existiendo transmisión en contactos y grupos de riesgo. El problema es aún más marcado en el ámbito de la TB resistente a drogas. Estas formas de tuberculosis, en particular la tuberculosis multi-drogoresistente (TB-MDR) (resistente a isoniazida y rifampicina), no se han podido controlar adecuadamente en los últimos años y genera mucho sufrimiento, años de vida perdidos y gasto financiero a las familias y al sistema de salud. El Perú es uno de los 30 países en el mundo con mayor carga de TB-MDR en el mundo y el país con la mayor carga en la región de Latino américa. Anualmente, se reportan más de 2000 casos de tuberculosis resistente a la Isoniazida y Rifampicina (tuberculosis multi-drogoresistente, TB-MDR) y aproximadamente 100 casos de tuberculosis resistente a estos medicamentos y de manera adicional, a fluoroquinolonas e inyectables (tuberculosis con resistencia extendida a medicamentos, TB-XDR). El hecho de que lejos de lograr un adecuado control y disminuir progresivamente el número de afectados, como lo han conseguido hacer otros países, en el nuestro las cifras permanezcan constantes, puede obedecer a varios factores. Estos incluyen factores del sistema de salud, como de determinantes socio-ambientales, como la pobreza y hacinamiento, la susceptibilidad genética de nuestra población, y factores determinados por el tipo de microorganismo que se encuentra circulando en nuestro medio. Resulta por eso imprescindible contar con un conocimiento profundo de las características genéticas de las cepas circulantes, para con ello dilucidar si existen factores propios de las micobacterias que estén condicionando el estancamiento de la epidemia y, de ser el caso, ayudar a informar cuáles serían las mejores alternativas para poder controlarla. En la actualidad, existen diversas metodologías para el estudio de los genes de las micobacterias, sin embargo, la Secuenciación Genómica Completa es la que resulta más adecuada, pues, como su nombre lo indica, nos proporciona información sobre el genoma completo y no se limita a ciertos genes específicos. Esto es importante al estudiar el comportamiento paremiológico de la enfermedad, puesto que frecuentemente están siendo descubiertos nuevos genes con relevancia en la transmisión, “fitness” del microorganismo, o nuevos genes de resistencias a fármacos de primera, segunda y tercera línea.