La alpaca es una especie importante para la economía de nuestro país. Como sabemos, las comunidades altoandinas requieren sementales con finura de fibra adecuada para cubrir los requerimientos del mercado. Sin embargo, en muchos planteles de reproductores existe un gran porcentaje de sementales alpaca con baja capacidad fecundante, esto quiere decir, machos con baja fertilidad. En otras especies, se realiza la evaluación de parámetros espermáticos de los machos, antes de ser destinados a planteles reproductores, a fin de solo seleccionar aquellos que posean características productivas y reproductivas deseables. Esto no es posible de ser realizado en forma rutinaria en alpacas, debido en gran manera a que resulta sumamente engorroso obtener muestras seminales por la posición de cópula de la especie y el temperamento nervioso/agresivo de la especie. Estudios realizados en otras especies, han demostrado que es factible predecir la fertilidad de los machos empleando marcadores moleculares. En ratones existen alrededor de 38 genes asociados a parámetros espermáticos que permiten medir la capacidad fecundante de los machos. Determinar la capacidad fecundante de un macho nos permite predecir cuál es su fertilidad. Consideramos que en el genoma de alpaca existen genes homólogos a por lo menos el 50% de estos genes. Es por ello que el objetivo del presente estudio es caracterizar marcadores moleculares en genes relacionados a espermatogénesis y capacidad fecundante a partir de transcriptomas de testículo y epidídimo de alpaca. Para ello se realizará el diseño de primers específicos y la evaluación de la expresión génica de 10 genes candidatos mediante PCR-Real Time. Posteriormente se correlacionará los patrones de expresión de estos 10 genes con los valores de calidad espermática de las muestras epididimales. Buscando con ello caracterizar marcadores moleculares en genes relacionados a espermatogénesis y capacidad fecundante a partir de transcriptomas de testículo y epidídimo. Este estudio marcará el punto de partida para el desarrollo de nuevos métodos de selección reproductiva en alpacas.