El desarrollo tecnológico en las ciencias biológicas como la genética molecular y la genómica ha posibilitado poder conocer el genoma y genotipo de diferentes organismos como los animales de granja. Junto con el desarrollo de la bioinformática, las tecnologías ómicas hacen posible estudiar las características del genoma en su conjunto abriendo nuevas oportunidades para el estudio de la diversidad genética en animales como bovinos (Park et al., 2015) y cuyes (Dunnun y Salazar-Bravo, 2009), o también estudiar aspectos productivos y sanitarios que pudieran tener impacto en la mejora productiva de estos animales (Wey et al., 2016; Heaton et al, 2016; Newman, et al., 2011; Verma et al., 2018). El estudio de la poblaciones animales orientadas a fines productivos tiene especial relevancia en la región Cusco ya que esta cuenta con la cuarta mayor población de ganado bovino (7.9%), además esta región cuenta con el 14.05% de la población nacional de bovino Brown Swiss y 7.68% de la población nacional de bovinos criollos (CENAGRO, 2012); en lo referido a la población de alpacas la región Cusco posee 545,454 alpacas, siendo la segunda mayor poblacional nacional de estos animales (14.80%) mientras que en ovinos posee el 13.14% (1251,524 ovinos) del total nacional siendo la segunda mayor población de país, además en referencia al ovino criollo en esta región se cuenta con el 13% de la poblacional nacional (995,287 ovinos) solo detrás de la región Puno y en cuanto a cuyes en el Cusco se tiene al 13.51% de la población nacional, misma que está en manos de 90,480 unidades agropecuarias (CENAGRO, 2012).