La presente investigación tiene el objetivo de analizar las asociaciones entre el consumo alimentario, estado nutricional y características metabolómicas del habitante a nivel del mar (NM) y altura del Perú. Es un estudio comparativo- descriptivo, correlacional de corte transversal, en dos zonas de altura: Cerro Pasco (4340 m) y Puno (3800 m) y dos a baja altitud: Lima (150 m) e Iquitos (104 m). En 200 varones y 200 mujeres entre 18 a 65 años, se evaluó el consumo alimentario y estado nutricional y en 70 voluntarios de Puno y 30 de Lima se realizó el estudio metabolómico. ANOVA, U Mann Whitney, fueron utilizadas para comparar medias y regresión lineal simple y múltiple para evaluar asociaciones. Chi cuadrado se usó para comparar proporciones. P<0.05 se consideró como significativo. El patrón de consumo alimentario, muestra valores porcentuales medios mayores en carbohidratos en tres ciudades, excepto Lima que está dentro de la norma; el consumo graso total, se encuentra dentro de los parámetros establecidos con diferencias en la calidad de grasas; el porcentaje de proteínas excede la norma de referencia en NM. En relación a vitaminas y minerales el consumo de retinol, vitamina A, riboflavina, niacina, ácido ascórbico, sodio, fósforo y hierro cubre el requerimiento en las 4 ciudades. Es menor al requerimiento; el calcio, potasio, ácido pantoténico y piridoxina. La prevalencia de bajo peso, sobrepeso y obesidad es de 7%, 31% y 15% respectivamente a NM y de 4%, 29%, 28% en la altura, con diferencias entre alturas en obesidad (p<0.05). La prevalencia de ectomorfos, mesomorfos y endomorfos es de 2%, 33%, 66%, respectivamente a NM y de 1%, 49%, y 51% en la altura, siendo los mesomorfos mayor en la altura y los endomorfos a nivel del mar. Los metabolitos derivados del metabolismo de carbohidratos, proteínas, grasas y vitaminas que se expresan en altura, son mayores en número a los metabolitos expresados a NM. Muestran mayores diferencias; la maltosa, maltoriosa, isovalerato, glutamil- -lisina, palmitoilcolina, dihomolinoleoil colina, Leucotrieno B4 y α-tocoferol en NM y el 3-fosfoglicerato, lactato, α-cetoglutarato, dopamina, cisteinilglicina, 5- oxoprolina, linoleoil etanolamina y treonato en altura. El perfil lipídico muestra valores de LDL y HDL dentro de los parámetros normales sin diferencia por altitud. Los triglicéridos y VLDL son más altos en altura que NM. La glicemia es menor en la altura que NM. (p<0.05). Se concluye que el consumo alimentario se caracteriza por ser elevado en carbohidratos en altura y en proteínas a NM, con similares características en el contenido graso. Se encuentran metabolitos derivados de los carbohidratos, grasas y proteínas asociados a la obesidad.